青贮贮存期的有氧损失绝大部分来源于干物质损失，损失可能高达30％至40％。
然而，要解决青贮的腐败，唯一的有效做法就是减少青贮在氧气中的暴露，从而减少有氧损失。其操作如下：
- 迅速封窖
- 有效的压实
- 快速铺膜和密封
- 足够的饲喂速度
- 尤其是天暖的时候，取料后迅速使用
- 使用公认有效的青贮添加剂
有效而可行的管理方式是降低酵母菌的活性，而不可能完全的消灭青贮中的酵母菌。
不稳定原因
有氧不稳定性通常是由于酵母在短时间内快速生长所致。即使以最佳成熟度、最理想的水分含量以及最合适的剪切长度收获的青贮都会受到影响。
由于青贮原料在收获后植物体内仍存在氧气，所以在这个过程中仍然会发生有氧腐败。在青贮收获后，作物中氧气消耗完前，酵母菌仍然会在青贮原料中繁殖。之后，当青贮的pH降低到一定程度后，就达到了最好的发酵状态，只会在之后的开窖使用时，青贮的温度才会迅速升高和腐败。
在以下情况下，会增加有氧腐败的风险：
- 收割期，青贮的成熟度过高
- 农作物因冰雹，昆虫或霜冻而受损
- 作物经历了干旱的应激
- 每克新鲜草料，农作物中含有超过 1,000,000 (1 x 106) 个单位的酵母
玉米青贮饲料，谷物青贮饲料和高水分玉米（HMC）可能具有较高的酵母菌含量，因为含有淀粉和可溶性糖的环境为酵母菌提供了良好的生存环境。青贮饲料中的有氧环境也可能使霉菌和其他机会性微生物生长。
控制青贮有氧腐败
一旦发生有氧腐败，可以使用有机酸（丙酸，乙酸和苯甲酸）可以提高有氧稳定性。有两种常见策略：
- 使用高浓度的酸实现青贮完整保存。为了更有效，每吨青贮饲料需要10到20磅（或4.5到9千克）有机酸的活性成分（AI）。
- 在青贮制作时，加入（1到2.2kg单位每吨）的有机酸，以控制开窖后的酵母菌数量。
使用酸的浓度不够起不到青贮保存的目的，青贮的稳定保藏仍然需要青贮自身的产酸。建议使用接种剂以帮助确保充分发酵。
腐蚀的青贮饲料不能饲喂
不能把腐蚀的青贮饲料饲喂给动物。试验验证，饲喂动物含有霉变的饲料会导致动物采食量的降低与生产水平的下降。用腐败的青贮混入良好的饲料中的做法得不偿失。
