青贮饲料发酵过程是一场“好”微生物和“坏”微生物之间的斗争。“好的”微生物有乳酸菌（LAB），其天然存在于作物中，也以青贮添加剂 的形式添加到饲料中。另一方面，一些常见的微生物会对青贮饲料质量产生负面影响，包括：
- 醋酸杆菌
- 杆菌
- 丁酸菌
- 梭状芽胞杆菌
- 肠杆菌
- 李斯特菌
- 霉菌
- 酵母菌
醋酸杆菌
醋酸杆菌为耐酸细菌，会引起腐败，在全株玉米青贮和谷物青贮中要对其进行密切关注。
醋酸杆菌需要有空气才能生存。降低空气含量的青贮管理的手段是限制醋酸杆菌生长的机会。
杆菌
杆菌能将多种碳水化合物发酵成有机酸和乙醇。芽孢杆菌的生长可以减缓青贮饲料pH值的下降速度，从而产出优质的青贮饲料。此外，芽孢杆菌生长会在饲喂时使饲料变质。
为减少芽孢杆菌的生长，要控制青贮饲料发热，采取适当方式减少空气进入：
- 装填
- 覆膜
- 密封
- 取料技术
丁酸菌
丁酸菌存在于土壤中，当收割物料时，泥土被混在作物中污染青贮。在乳品加工过程中，丁酸菌会污染牛奶。在奶酪生产过程中，丁酸菌会导致气体产生，从而使得奶酪块爆裂。
在青贮的最初几天，一些丁酸菌的生长速度与负责青贮酸化的乳酸菌生长速度一样快。一旦青贮饲料达到低pH值，丁酸菌会进入休眠状态，直到找到有利的生长条件。
饲料中的高温、低的干物质（DM）、低水平的水溶性碳水化合物以及高的缓冲能力促进了丁酸菌的生长。若青贮饲料不稳定，丁酸被激活会进行二次发酵，使得pH值升高，青贮饲料发热。
梭状芽胞杆菌
梭菌通过几种方式会损害青贮饲料的质量。梭菌发酵是青贮饲料生产中常见的挑战。更多相关信息，请前往梭菌发酵。
肠杆菌
肠杆菌除与LAB争夺糖分之外，还会降解蛋白质，降低青贮饲料的质量，产生有毒化合物。肠杆菌会使快速下降的，保证优质青贮质量的pH值下降速度减缓。
肠杆菌在低pH值下不会增殖，为减少肠杆菌的生长，应确保饲料中的pH值快速有效的下降。
李斯特菌
单细胞李斯特菌生活在土壤、牧场、粪堆或青贮饲料中等各种地方，其生长于pH值高于5.5的有氧气存在的环境中。当pH值低于5.5时，李斯特菌无法存活，因此，李斯特菌在经过适当青贮和管理的饲料中就显得没那么重要了。
当采食李斯特菌时，会引发李斯特菌病。它是反刍动物、猪、狗、猫、某些野生动物和人类的常见病。李斯特菌病会使神经系统出现问题，并会导致死亡、流产、采食损失并造成腹泻。
打造低pH值的青贮饲料环境是控制李斯特菌的关键。
霉菌
霉菌在有氧的青贮饲料中生长，其常见于青贮饲料的表面层，但若有氧气渗入或存在，整个青贮窖的青贮就会有变质的风险。霉菌生长会带来变质的风险，降低饲料价值，且若存在霉菌毒素，还会给健康带来潜在风险。
通常可凭借霉菌生长的颜色来对其进行识别。
为减少霉菌生长的机会，采取适当方式限制氧气：
- 装填
- 覆膜
- 密封
- 取料技术
酵母菌
酵母菌天然存在于所有饲料作物中。玉米青贮、谷类青贮和高水分玉米（HMC）有较高的酵母菌含量，因这类含有淀粉和可溶性糖，为酵母菌提供了良好的生存环境。
酵母菌会在短时间内快速生长，导致需氧不稳定，还会使青贮饲料发热。青贮饲料中的所有氧气被消耗之前，酵母菌会在收割后的头几天进行繁殖。此外，即使青贮发酵良好，并达到了理想的pH值，但当休眠的酵母菌再次暴露在空气（氧气）中变为优势菌群时，青贮会迅速发热，在饲喂时可能变质腐败。
限制酵母菌生长：
- 在合适的成熟时进行收割
- 运用青贮饲料管理实践，限制青贮窖中的氧气进入并将其排出
- 使用抑制酵母菌生长的青贮添加剂
